近年来，黄河三角洲国家级自然保护区以"陆海统筹、综合治理、系统修复"为指导思想，创新实施了水系循环、微型生态和生物演替三项湿地修复模式，成功构建了从河流到陆地、再到海岸带的完整生态系统。通过这些举措，该区域的河口生态环境得到显著改善，生物多样性持续提升。

补水工程是保护区生态恢复的关键措施之一。"十四五"期间，累计实施生态补水超过1.7亿立方米，有效扩大了淡水湿地面积，提升了整体环境质量。曾经寸草不生的盐碱滩涂，如今已成为水草丰茂、物种丰富的生态乐园。

在修复盐沼生态系统方面，保护区采取以自然恢复为主、人工辅助为辅的方式。通过优化水系连通、疏通潮沟等手段，改善了盐地碱蓬的生长环境。目前，已成功修复5.2万亩盐地碱蓬植被，为包括丹顶鹤在内的多种珍稀鸟类提供了理想栖息地。

针对互花米草这一入侵物种，保护区自2020年起连续开展治理工作。通过刈割、围淹和翻耕等方法，累计治理面积达13.1万亩。同时，修复被阻塞的76千米潮沟，恢复了黄河与海洋的生态连通性，为原生物种的回归创造了良好条件。